Климат на большей части территории Индонезии экваториальный, влажный, в отдельных регионах имеет признаки субэкваториального. В равнинных областях среднемесячный температурный показатель составляет около 26°С, при этом его сезонные колебания весьма незначительны — не более 3°С. В горах при естественном понижении температуры по мере возрастания высоты над уровнем моря (порядка 1°С на 100 м) сохраняется столь же небольшая амплитуда средних месячных температур, на высотах более 1500 м случаются заморозки.

Уровень влажности весьма высок, в среднем порядка 80 %. Годовой объём осадков колеблется от 1800 мм до 3200 мм в равнинных областях, а в некоторых горных районах достигает 6100 мм. При этом для большей части территории характерно более или менее выраженное чередование двух сезонов — дождливого (с ноября — декабря по март — апрель) и сухого (с апреля — мая по октябрь — ноябрь) — связанное со сменой экваториальных муссонов. Во время сухого осадки либо отсутствуют, либо выпадают в заметно меньшем количестве. Дожди часто имеют ливневый характер и обычно сопровождаются грозами.